朝廷的血腥镇压，黄巾起义终为失败，惟部分残余隐匿深山野中，不成气候。而此次义举深度摇动了东汉统治之根基，一些地方阀门乘机扩充势力，欲与朝廷相抗，以谋求更大私利。
边章和韩遂率先在凉州拥羌人作乱，连年未平。
中平三年年底，朝臣奉诏会议，改派司空张温行车骑将军，并召前中郎将董卓，使为破虏将军，与荡寇将军周慎，统归张温节制，张温奏请孙坚为前佐军司马，出讨凉州叛军。
孙坚接到朝令，即辞朱儁，直至张温军。张温见孙坚到来，便道：“知君勇猛，奏请前来相助。”
孙坚答道：“承蒙将军提携，尽当立功报答。”嗣孙坚助张温调集诸郡兵马。
张温合兵十万，屯守善阳，叛军边章引兵来攻，张温率军迎战，而战不利，董卓也败退还营。
时已至仲冬，天气严冷，夜空忽一大流星划过，光长十余丈，照彻乱军军营，驴马皆鸣，乱军疑为是不祥之兆，欲回金城再作计较。
董卓得知，心下大喜，复邀同右扶风鲍鸿等，趁机晨攻乱军。
乱兵皆有归志，不愿力战，一哄儿弃营西走。董卓等驱杀一番，斩首数千，还营报功。
董卓回营，张温令董卓再讨羌胡，另派周慎追击边章，当下孙坚由张温调至周慎军中参议军事。
边章败退榆中，据城固守，周慎即欲进攻。孙坚向周慎献计道：“贼新入榆中，必无粮储，定当由外输入。吾愿得万人，截贼粮道，将军率大兵为后应，贼不能久守，自然骇走。若窜入羌中，并力往讨，便可荡平，凉州便可从此安靖！”
周慎不从，遂引兵围榆中城。
边章闻周慎军将到，就先拨部分乱军，往驻葵园。待至周慎军攻城，坚守勿战，又密令葵园乱军，断其周慎之粮道。
周慎得知粮道被劫，乏食生惊，丢弃辎重遁还。周慎没听孙坚之计，终有此败。
另说董卓一路人马，前讨羌胡，行至望垣北隅，突遇羌胡大队人马，蜂拥前来，急切不能退避，致被敌羌军所围。董卓军既被围困，饷又不继，急得董卓徬徨不可终日，左思右想，幸得了一计。
董卓本就倚水立营，令兵从水旁筑起一坝，佯为捕鱼，暗中却将水势堵塞，腾出淤地，乘着宵深更静，在大坝的掩护下，悄悄拔寨撤军。
待乱军闻知，出来追击，董卓军已尽出围。董卓见乱军过来，令兵突决塞放水，河水泛滥，蓄水数十里。使乱军淹死多人，乱兵慌忙走还，只得在扶风扎营。
适边章与韩遂争功，两不相协，边章致书张温，自请投降，实是一缓兵计。
张温乐得应允，收兵退回长安，并将前后军情，奏报朝廷。
灵帝览奏，见战功多出董卓，因特封董卓为斄乡侯，食邑千户，调任并州牧。
当下颁诏付张温，使张温转告董卓。其实董卓已得知封侯消息，便即志高气盈，目空一切。张温使人往召，他竟不奉命，故意推三阻四。
张温久等不至，再遣属吏赍诏召董卓，等了好晌，方见董卓才姗姗到来。
董卓入帐见张温，不请自坐，并未谢及奏叙的惠德，而是满面骄容，居然有压倒张温的气势，真是目无上司！
张温看他不顺，就出言斥责，而那董卓却反唇相讥，并谓道：“西征诸将，全属无用，若非吾董卓功劳，怎能使贼畏服？”
张温又怒道：“边章等名虽乞降，心实难久。将军既智勇双全，何不再接再厉，扫平群贼，方得上报国恩？”
董卓抗声道：“贼已降服，何必再攻？无故往攻，岂不自失吾董卓之威信么？吾虽志在杀贼，却不愿师出无名！”
张温再次斥责他不从号令，他却态度更加傲慢，且出言不逊，说罢便起座自去。
张温见董卓如此倨傲，也不起送，只是闷闷不乐的坐在帐中。
在坐的孙坚，见此情景，也有怒意，便走至张温旁，在张温耳边密语道：“将军奈何放董卓出营？”
张温不答，屏去左右，问道：“不放奈何？”
孙坚道：“董卓不怖得罪，且鸱张大语，可按召不时至，有违节度之军法，将其斩之！”
张温惊而摇头道：“董卓素有威名于陇蜀之间，如杀之，西行无依。”
孙坚慨然道：“明公亲率王兵，威震天下，何赖于一董卓？观董卓所言行，董卓可有三罪，董卓抗辞不逊，轻上无礼，是一罪。边章、韩遂跋扈多年，理应按时进讨，而董卓反说不宜攻，沮军疑众，是二罪。董卓受任无功，应召稽留，而轩昂自高，妄自尊大，是三罪。古之名将，仗钺临众，未有不断斩以示威者也，是以穰苴斩庄贾，魏绛戮杨干。今明公垂意于董卓，不即加诛，亏损威刑，后悔恐无及了！”
张温听后，还是不忍杀董卓，孙坚只得怏怏而退，叹惜不已。
此后，几经努力，边章、韩遂之乱终得平息。随即有诏书颁到长安，进张温为太尉，三公在外拜命，由张温为始。
张温虽不能除董卓，但颇重孙坚才，荐为议郎。随即朝廷下诏，拜孙坚俸六百石之议郎，至此孙坚便成了一名京官，随时可被徙任地方高官。
边章、韩遂之乱刚平，南方湘水又生三股乱军，一是长沙的区星，二是零陵的周朝，三是桂阳的郭石。尤其是区星聚集万人，攻打长沙，长沙告急，奏章飞报京城，灵帝又是大惊，立任孙坚为长沙太守，负责平叛。
孙坚接旨后，立刻起程。一到长沙，见区星围攻暂时停顿，孙坚及随从乘机驰入长沙城内。
到达官府，当众宣告朝廷旨意，孙坚当即接管长沙。正在此时，一兵吏急忙踏入官府，急道：“报！区星贼又发攻城了！”
孙坚问道：“区星现在何方？”
兵吏道：“正在东门外叫阵。”
孙坚听后，深感时间紧迫，就道：“随我去观。”
官府留下文官，其他将官皆伴孙坚而去。
孙坚至东门城墙，遥见叛军众，且气势甚汹。孙坚昂首高声道：“请区星出来答话？”话声如雷，叛军闻声皆静。
从中走出一人，五大三粗，反问道：“汝是何人？”
孙坚答道：“吾是新来太守孙坚，汝就是区星？”
那区星骄傲地答道：“本王就是。”
孙坚道：“汝聚众闹事，悬崖勒马还来得及，否则死无葬身之地！”
区星道：“哈哈，好大的口气，区区的长沙，吾看汝能坚守多久，我大军即将攻占！”
区星将手一挥道：“给我攻城！”
叛军像蚂蚁似的涌向城来。城上守军手搭弓箭，直射叛兵。一时间，城上守军与叛军处于胶着之状，叛军几经攻城，没能攻破，死伤无数，只得息鼓回营，以后再战。
孙坚见区星退军还营，这才细询城中的守军和粮食情况，得知城中守军兵力远不及叛军众多，城中的粮食也是有限。
孙坚思如再这样被围，城中的粮食告罄，那长沙危矣。于是孙坚欲择数壮士，出城一战，将叛军的气势打下去！
于是他对城下喊道：“区星，汝敢跟本太守单独一战么？”
区星答话：“只要汝能敢胆打开城门，吾就与汝一战！”