武汉会战前，日本大本营判断，攻占武汉，控制中国腹心地区、击歼中国军队主力井夺取广州、切断中国的国际补给线后，可以迫使国民政府屈服。但事实与其愿望相反。武汉失守后，中国军队主力既未被歼，国民政府亦未屈服，华北敌后战场已经开辟，游击战争广泛展开，沦陷区内，日军占领点线已感兵力不足，难以确保“治安”。此时，日军用于侵华的军队，陆军己达24个师团和1个飞行集团；在中国东北，还配置有防备苏联的9个师团；日本国内，仅留有1个近卫师团。在现有兵力情况下，已无力发动大规模的进动。因而，日本大本营在1938年11月19日制定的《战争指导方针》和12月6日制定的《对中国事变处理方案》决定，放弃速战速决战略，改取持久作战战略，在基本上“不扩大占领地域”的原则下，以局部有限攻势、战略轰炸和切断中国国际补给线，来打击国民政府的抗战意志；并以有力部队击歼后方游击部队，以保持占领区的“治安”；运用中国的人力及资源，“以华制华”，维持对中国的占领；同时加强政治攻势，扶植傀儡政权，谋求结束战争。根据上述原则，日军参谋本部制定的《陆军在华作战指导纲要》规定：华北方面，“确保主要交通线”，“在占据地域内实行大规模之扫荡作战”。为此，在华中“留置6个师团，其余转用于华北方面”，华南则“逐次以守备部队代替，主力转用于华北方面”；华中方面，除“恢复上海、南京、杭州间地域之治安”外，“配置于武汉地区之作战军，协同海军，确保由岳州迄长江下游之交通，以武汉三镇及九江为根据地，摧毁敌人的抗战企图，作战地域，大致定为安庆、信阳、岳州、南昌之间”；华南方面，“以遮断中国补给为目的，配置最小限之兵力”。
武汉会战后，中国军事委员会委员长蒋介石，先后于湖南南岳、陕西武功召开高级将领军事会议，检讨此前抗战的得失，分析敌情，认为，今后第二期的抗战是转守为攻、转败为胜的时期。为适应战局的要求，重新决定了作战方针、重行划分了各个战区，调整了兵力部署，整理了军队编组，并简化了指挥层次。撤销兵团、军团，以军为战略单位，由统帅部至军，中间只有战区、集团军2个层次。将步兵师逐步由2旅4团制改为3团制。同时，合并军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营，改设桂林、天水2个行营，以统一指挥南北两个战场各地区之作战。1939年1月7日，军事委员会颁发的《国军第二期作战指导方案》的作战方针是：“国军应以一部增强被敌占领地区内力量，积极展开广大游击战，以牵制消耗敌人。主力应配置于、赣、湘赣、湘西、粤汉、平汉、陇海、豫西、鄂西各要线，极力保持现在态势。不得已时，亦应在现地线附近，尽量牵制敌人，获取时间之余裕，俟新战力培养完成，再行策动大规模攻势。”
南昌是江西的首府，位于九江以南，赣江与鄱阳湖之间，南邻浙赣铁路，系第九战区重要战略基地之一。武汉会战时，日军第11军就奉有攻略南昌之任务。但由于其第101、第106师团沿南浔路前进时攻击受挫，特别是第106师团在万家岭几乎被全歼，所以未能完成任务，被阻止于修水北岸。中国空军以南昌机场为基地，经常袭击九江附近在长江中航行的日海军舰艇，对九江及武汉日军的后方补给交通线威胁甚大。日军攻占武汉后，为切断浙江、安徽、江西经浙赣路至大后方的交通线，解除对九江及长江航道的威胁，占领南昌机场以缩短其对中国南方进行战略轰炸的航程，决定再次进攻南昌，并仍以第101师团和第106师团为主攻部队。由于这2个师团损失惨重，必须休整、补充才能进行战斗，所以预定于1939年3月间沿南污路发动进攻。
为保证进攻成功，在准备期间，第11军司令官冈村宁次，数次派作战主任参谋宫崎周一等乘飞机侦察地形和守军的防御体系、工事状况及兵力配备、重武器的位置等，据此选定渡河（修河）点和进军路线、主突方向。为提高进攻的强度和速度，冈村宁次改变以往将野战重炮兵和战车配属各师团，分割使用的作法，由军集中使用，统一指挥；同时改变将战车分布在步兵战斗队形直前，掩护和引导步兵攻击的传统战术，将战车编为战车集团，在第1线部队前方2天行程的距离上，在航空兵支援下，进行远程迂回，突破守军防线，为部队开路的战术。直接支援第101、第106师团进攻的炮兵，由野战重炮兵第6旅团长澄田崃四郎指挥，下属野战重炮兵第10、第13、第14、第15联队，野炮兵第101、第106联队，独立山炮第11联队和攻城重炮兵第2大队，共有火炮170门，另外，2个师团还有联队编制内的火炮112门和配属的迫击炮8个中队，总计300余门。战车集团由第5大队长石井广吉指挥，下属2个战车群、1个预备队，共有战车135辆。为使主攻方向上的2个师团作战容易，冈村宁次还令在湖北安陆的第16师团、在岳阳的第9师团、在杭州的第22师团，于进攻南昌开始前，分别向当面的中国军队发动进攻，以造成中国军队的错觉而分散兵力，以减轻主攻部队的压力。另外，令在箬溪的第6师团、在鄱阳湖的海军部队和第116师团，各以一部兵力，在进攻南昌开始时，分别向箬溪东西的安义、三都镇等地及鄱阳湖东岸的都昌沿湖地区进行攻击，以策应主攻方向的作战。部署第101师团由永修渡修水，沿铁路和铁路西侧进攻南昌；第106师团由永修西北的艾城、虬津渡修水，在第101师团以西经奉新左旋，在生米街以南渡过赣江，从南迂回南昌，切断浙赣铁路。
重新划分后的第九战区，司令长官仍为陈减，但因其兼军事委员会政治部部长，故由薛岳代理。所属部队有：第19集团军（罗卓英，辖第79、第49、第70、第78、第32军），第31集团军（汤恩伯，辖第13、第18、第92、第37、第52军），第1集团军（龙云，辖第58、新编第3、第60军），第27集团军（杨森，辖第20军），第30集团军（王陵基，辖第72军），第20集团军（商震，辖第54、第53、第87军），湘鄂赣边区游击总指挥（樊崧甫，辖第8、第73军），战区直属第74军（王耀武）。总计主力作战部队共52个步兵师。南昌会战开始前，防守南昌地区部队的兵力部署为：第19集团军总司令罗卓英指挥第70、第49、第79、第32军及顶5师等11个
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