整顿完毕后，皇太极为了能够全力对抗吕汉强即将发起的战争，做了一个惊人的决定，留正黄旗坐镇盛京，以皇长子豪格监国，自己亲带镶黄旗，正蓝旗镶蓝旗出兵蒙古，攻打林丹汗。
林丹汗一直是皇太极父子的死对头，虽然林丹汗很烂，但他却将烂这个字发挥的是淋漓尽致，那就是屡败屡战，死缠烂打，当初都被自己追的要逃亡青海了，结果天上蹦出个吕汉强，坏了自己好事，而且居心叵测的吕汉强还用商业办法资助了他，不但严重削弱了大清对外贸易，而且还壮大了林丹汗，最要命的是，吕汉强和林丹汗，达成了令人发指人神共愤的割人头买卖协议，吕汉强还就别出心裁的割女人孩子人头，这简直就是灭绝人性，丧心病狂，就这一项，就让自己每年损失不下五万百姓，孩子没了，就没了希望，女人没了，就没有繁衍生息，这让皇太极苦不堪言。
而且他被吕汉强扶持之后，又开始做他天下大汗的美梦，继续对自己虎视眈眈磨刀霍霍，已经在北方对自己造成了巨大的威胁，皇太极有绝对的判断，在吕汉强和自己展开决战的时候，这家伙一定会在自己侧背给自己来下狠的，这绝对是一个灾难性的的后果。
为了将来决战的时候不被干扰，就必须在这段时间清理所有不确定的因素，内部自己不惜发动一场政变流血牺牲取得安定，那就对外吧。
攻打林丹汗还有一个目的，那就是战马。
随着连番大战，大清八旗战马损失严重，而既然要机动，就要有充足的战马做到一人两骑或者三马，原先的蒙古已经被林丹汗再次收拢与自己为敌，自己战马的来源就被掐断了，只有打败林丹汗，才能抢夺这战争最重要的物资战马，于是，在全面整顿还没完成的时候，皇太极在数九寒天里，就带着三旗出兵蒙古，攻击林丹汗。
吕汉强没想到皇太极会在这个时候，不老实的窝在家里舔舐伤口猫冬，却突然出兵蒙古对林丹汗动刀，林丹汗更没想到皇太极在被吕汉强压的喘不过气来的时候还有心情和自己掰腕子。
尤其林丹汗是狂妄自负的，在他看来，皇太极虚弱不行啦，自己已经强大恢复啦，皇太极已经不是自己对手了，自己该考虑的是怎么再次对大明发起挑战，重新恢复成吉思汗的辉煌，因此也就放松了对皇太极的警惕。
结果皇太极出其不意，冲进了蒙古，一路上以秋风扫落叶的狂暴形势，横扫东蒙平原，当林丹汗发觉不好的时候，皇太极已经打到了自己的家门口，于是林丹汗匆忙组织抵抗，第一战，被杀勇士近万，林丹汗大败而归。
皇太极紧追不舍，第二战林丹汗丢弃王庭，向西逃窜，中间紧急行文吕汉强，恳求支援。
第三战，林丹汗丢弃部众逃进边军控制的草原。