在一代代的吞噬中，吞噬怪物出现了各种分支，它们拥有着各种不同地细胞器，复制分子也被细胞核保护起来。
有了细胞器的分工，吞噬怪物的生命活动变得高效起来。
如果将灰属藻看成原始的农耕社会，一家人的衣食住行都要靠自己解决；
那么吞噬怪物就像工业化的社会，社会中的各项工作都高度分工，人人各司其职，社会运转的效率自然有了大幅提升。
除此之外，有了细胞核的保护，吞噬怪物细胞内发复制分子有了保护，它们更不容易受损，存活率有了显著提高。
经过两亿年的进化，吞噬怪物逐渐占据了优势，它们有更高的效率、它们的复制分子能更好的保护自己、繁衍后代，相比之下，灰属藻几乎没有任何能拿得出手的优势。
自然而然的，吞噬怪物向灰属藻帝国发动了反攻，在它们面前，昌盛了二十亿年之久的灰属藻，已然处于劣势地位。
接下来的几千万年中，以吞噬怪物为首的，类似真核细胞的细胞，开始席卷全球。地球进入了真核细胞的时代。
经过二十亿年之久，程深再次“动笔”写起了日记：
【第三章·吞噬纪元】
【“地球新生23亿年，依靠着变异、吞噬和圈养，原核细胞进化为真核细胞。真核细胞成为吞噬纪元的统治者。”】
写到这里时，程深不免哑然失笑，无论是灰属藻，还是吞噬怪物，无非都是复制分子给自己制造的机器。无论谁占据主流，最终的赢家永远都是复制分子。
在接下来漫长的十亿年中，真核细胞占据了主流。
不过灰属藻并没有完全消失，它们还存在于地球的某些海洋，作为曾经的统治者，它们终究有着一定的竞争力。包括其他的原核细胞，也并没有彻底灭绝，还在地球的海洋中生存。
复制分子们很兴奋，为找到了真核细胞这一强大的机器而兴奋。真核细胞会保护好它们的。
但是凡是没有绝对和永恒，随着时间的推移，复制分子们渐渐发现，细胞的进化似乎已经接触到了瓶颈。
即使它们再怎么进化，也难以获得更大的优势。进化的大厦似乎已经建成，它们所能做的，只是在大厦上修修补补。
无论再怎么修补，它们都跳不出真核细胞的圈子，它们还属于真核细胞，并不能获得碾压时代式的优势。
直到这时，复制分子们才恍然大悟，单打独斗的时代已然过去，接下来的时代，是合作的时代。唯有合作，才能打破细胞的瓶颈，获得更大的生存优势！
野心勃勃的复制分子们，开始了一个漫长而庞大的计划。它们将操控着自己的生存机器——细胞，来搭建一个更为庞大的生存机器——多细胞生物。
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