郭靖背着黄蓉来到南帝段皇爷处求医，《射雕》中的第四位高手段黄爷正式出现，同时牵出了一灯大师与周伯通和瑛姑之间的一段往事。
当年王重阳带着周伯通去大理和段皇爷交换武功，周伯通无聊时传授刘贵妃武功，二人肌肤相亲共度春宵。周伯通因为不愿娶妻而离开大理，刘贵妃为其产下一子。孩子被刺客打成重伤，段皇爷心存芥蒂不愿相救。一夜白头的刘贵妃为免孩子受苦将其刺死，随后怀恨在心离开皇宫，并改名为瑛姑。
同时欧阳峰和杨康回去并将奇书交给完颜洪烈，同时穆念慈因为跟欧阳克在一起，所以欧阳克克对穆念慈心生爱愫之情，因邀请穆念慈回白驼山。
穆念慈拒绝随欧阳克回白驼山，二人拉扯时被杨康看到。穆念慈在杨康的蛊惑下劝欧阳克饮下带有mi_yào的酒。欧阳克被杨康害死，同时嫁祸给穆念慈，西毒的唯一传人已死，他同意收杨康为徒，二人一起离开王府。
杨康跟欧阳峰在一起了，设计好了让郭靖跟黄药师反目的计谋，江南六怪成为了他们挑起事端的突破口。六人在岛上遭到暗算，只有柯镇恶一人存活。柯镇恶误以为是黄药师下毒手，愤怒的他命郭靖杀了东邪之女地。
觉得事情有蹊跷的黄蓉，最终引诱傻姑说出欧阳峰师徒杀死江南五怪的真相，事情真相大白后，黄蓉也被欧阳峰所持，杨康则回到了完颜洪烈的身边。
郭靖因为找不到黄蓉，他无奈下跟随拖雷回到草原。蒙古攻打金国，郭靖和杨康再次成为站场上的对手，有了《武穆遗书》助阵的杨康如同如虎添翼，郭靖与杨康对峙中处处落于下风。
黄蓉误打误撞的来到了双方对峙的战场，暗中助郭靖取胜，郭靖的母亲也被黄蓉的聪明智慧所打动，她终于接受了黄蓉，并将自己的驯马术传授给她。
兵败的完颜洪烈被杨康所杀，但杨康始终无法与郭靖冰释前嫌，与郭靖比试时败于其手。郭靖救下欲自杀的杨康，他向拖雷求情放过了杨康。杨康回到牛家村，同时黄蓉再次被欧阳峰抓走，逼其九阴真经的内容。
郭靖母子在蒙古大营中发现大汗准备大破金国后攻宋的秘密，二人商量准备悄悄离开蒙古，谁料此事被帐篷外的华筝听到。冲动的华筝质问父亲带郭靖攻宋之事，随后大汗派人将李萍抓住。
李萍担心大汗会以自己为人质要挟郭靖攻宋，她举刀自尽，郭靖将母亲安葬后离开大漠。同时华筝也因为自己害死郭靖之母，她决定终生不离大漠。
郭靖遇到鲁长老，并得知黄蓉被抓走一事。以为黄蓉以死的郭靖对一切都心灰意冷，为了使郭靖重新振奋，邱处机带郭靖去参加华山论剑。
此时心灰意冷的郭靖发现了黄蓉也在华山上，同地瑛姑发现了裘千仞是杀死自己儿子的凶手，众人都想杀了作恶多裘千仞。
一灯大师慈悲为怀，他点化了裘千仞并收其为徒。同时华山论剑正式开始，郭靖成为了最后的赢家。郭靖和黄蓉对于江湖纷争已经厌倦，有意归隐桃花岛，在去岛之前，郭靖有意带上杨康和穆念慈，但是在见到穆念慈之后，才知道杨康已经被欧阳峰所杀。