两人一犬汇合，跟着烟雾向前跑去。密窟，大蛇丸正在用大号针管抽取雪见的血液，疼痛让雪见醒了过来，发出了惨叫。雪见的喊声传来，卡卡西马上确定了方位，那个秘密洞穴就在前面的土石后面。卡卡西结印，“雷切”以雷克土，雷切凿穿了入口的巨石。烟雾弥漫，卡卡西与大和冲了进去。受到了雷切破石的波及，大蛇丸与雪见都倒在地上。大蛇丸站起来，“两个臭小子，居然敢妨碍我”
卡卡西道，“这次我不会再畏惧了我会直视你的双眼直到最后，将你打倒。”大蛇丸不屑，“你啊，还差得很远掂清自己的分量吧”大蛇丸与卡卡西同时冲向对方，况。所以在没有战斗时，宇智波一族不会开启写轮眼，就是为了闭目养神，滋润写轮眼。一般而言，普通的写轮眼只要注意保护和休养，不会出现丧失瞳力的状况。而万花筒写轮眼再怎么保养，只要使用就会减弱视力，无法避免。
这时候的团藏已经得到了宇智波家的写轮眼，才有了这样的结论。团藏露出了右眼绷带下的写轮眼，“更别提有些禁术甚至得用写轮眼本身作为代价，才能发动呢。去为我这只眼睛找个替代品吧”团藏的写轮眼装在失去的右眼上，卡卡西的写轮眼在左眼上。根部乙道，“如果要对宇智波一族的忍者下手，需要周密的准备。”团藏道，“未必是宇智波族人，有个没有双亲失去老师，并杀死朋友的人，拥有一只写轮眼。”大和马上想到了，“旗木卡卡西”团藏冷冷道，“永绝后患”
墓区，卡卡西来祭拜野原琳，大和与乙藏身在树丛中观察卡卡西。大和问道，“是谁的墓”乙道，“他的同伴，被他杀死的。”一头紫发的卯月夕颜背着短刀出现，“卡卡西前辈，火影大人找你。”卡卡西道，“知道了。”两人向墓区外走去，卡卡西道，“不用叫我前辈，这又不是在忍者学校。”夕颜道，“就算在暗部，你也是前辈。我一直把前辈当成榜样。”
这时期卡卡西在暗部已经有多年了，夕颜是最近才加入暗部的，还非常年轻。卡卡西道，“找个更可靠的人当榜样吧”夕颜笑道，“更可靠的人，疾风那样的家伙吗整天一副病怏怏的样子，怎么看也不会成为别人的榜样。”卡卡西与夕颜离去后，大和与乙来到野原琳墓前，大和看到了墓前的鲜花以及琳的名字。
火影办公室，三代火影道，“大蛇丸在国内有多处秘密研究设施，这你知道吧”卡卡西说知道。猿飞道，“逃离村子之前，大蛇丸破坏了其中一些，另一些则原封不动地留下来了，包括我们未知的东西。正在执行任务的4人小队，恰巧发现了用途不明的设施。根据小队回来后汇报，那应该是被大蛇丸遗弃的研究设施之一。”卡卡西问道，“小队有没有调查内部”猿飞道，“幸好还没有。因为不知道里面有什么，我不想让村里人知道那家伙进行可怕研究的真相。不想让他们知道自己下落不明的亲人和朋友变成了什么样子。”
三代火影道，“然而调查是必须的”卡卡西明白了，“所以你想让我这个暗部去。离大蛇丸叛逃出村已经过去3年了，他的负面遗产至今令人头疼啊”猿飞道，“对不住，只能拜托你了”卡卡西哈依。
卡卡西奉命出行，穿过一片树林，前往那个秘密研究基地。根部的甲和乙随后跟了上去，目的是卡卡西的写轮眼。
火影办公室，猿飞正在用毛笔写字，团藏走进来，“听说你发现了大蛇丸的据点”猿飞道，“是那家伙留下的研究设施，我已经派人去调查了。”团藏道，“这样啊”猿飞站起来，“你不放心吗”团藏道，“尽管是被遗弃的研究设施，但难保里面没有遗留的陷阱。不知道那位调查人员是否可靠”猿飞道，“我派的是暗部高手。”团藏阴狠道，“希望他没事。”猿飞皱眉，不知道团藏又搞什么阴谋。
卡卡西来到那个研究设施，那是个地下洞窟。卡卡西跳入洞中，来到入口门前，那里有个封印的符咒。卡卡西结印，试图解开封印。封印符变红后，失去了色彩。卡卡西上前揭符，符印突然发出亮光，卡卡西急速后退，“砰”地一声巨响，爆炸发生了，大门炸得粉碎，火光冲天。
后面冲出水流，阻挡住了烈火，是大和发出了水遁忍术。卡卡西险之又险地避开了爆炸陷阱，当然也发现后面的跟踪者，“你是甲吧”大和只好站起来，“好久不见了，卡卡西”
爆炸结束后，硝烟散尽，大门打开了。卡卡西与大和向里面走去，卡卡西随口问道，“你怎么在这里”大和道，“有任务。”卡卡西道，“来支援我的不，不对，是团藏大人吧他也想擅自调查大蛇丸的研究设施，所以派了根来。”大和没有答话，卡卡西叉手，“根的人决不透露任务内容吗但不管怎么说，刚才的水遁，真是多谢了”大和道，“我也不想卡卡西被烧死。”卡卡西道，“要一起进去调查吗彼此有什么发现可以沟通一下。”
卡卡西被三代派去调查大蛇丸遗留下来的用途不明的设施，跟他一起进入设施的还有根的甲，但甲接到的命令并不是调查设施，团藏盯上的是卡卡西的写轮眼。大和陷入深思，卡卡西道，“怎么了就算部署不同，我们也都是木叶忍者，完全可以互相协助嘛”根部乙还躲在暗处，卡卡西并没有发现。大和道，“也对，前面不知道是什么情况。一起走吧”卡卡