洪承畴不敢耽搁，立即开始整编各路兵马，很快就建立起了经略军共四镇五营。
四镇为左标李本深、右标张勇、前标刘芳名、后标胡茂祯。五营为左虾营张大元、右虾营马鹞子、标前营王永祚、后营卜世龙、中营刘应志。
经略军共计一万一千人，其中经略亲兵一千六百人，由李本深、刘忠、胡茂祯统帅。这支兵马人数虽然不多，却都是从强军中精挑细选出来的精兵。
洪承畴有了这一支精兵在手，总算是有了一些底气，然而这时却又传来消息：李定国围攻广州不利，已经撤回广西。
他不由得暗算庆幸：幸亏自己先前布置了一步好棋，要不然这番怕是要“出师未捷身先死”。
早在去年五月的时候，洪承畴就向顺治上了一个折子，其中说到了招降郑成功的事情。
他在折子中对顺治说道：“成功等作贼既久，狼子野心，臣等非敢保其不叛，亦难必其就抚。但今湖广、川陕、两广处处用兵，力不暇及。”
“且湖南之贼，或由江西，或由广东，皆可通闽，万一勾连狂逞，为祸愈大。故姑以招抚一策，先将此贼牢笼……”
洪承畴奏折上的意思，就是要朝廷先将郑成功招抚，等以后腾出手来，再慢慢找他算帐，所以即便郑成功提出再苛刻的条件，朝廷不妨都先答应下来。
顺治采纳了洪承畴的这项建议。清廷首先给处于软禁状态的郑芝龙恢复名誉，肯定了他降清的功劳，把郑芝龙被骗到北京后遭到软禁的过失推到多尔衮身上，对郑芝龙加以安抚。
七月间，顺治帝派内大臣传谕郑芝龙，将他拨入汉军镶黄旗，并授予郑芝龙在京的第二个儿子郑世忠为二等侍卫，同时命兵部给勘合将郑芝龙的部分亲属从福建护送来京团聚。
十月，清廷给浙闽总督刘清泰发出一封敕谕，对招抚郑成功作了明确指示，不但赦免郑成功，而且让他仍然驻扎福建，不必赴京。但郑成功并没有对此给予任何回复。
顺治十年三月，洪承畴在离京赴任前皇帝赐宴，他又向顺治提及招抚郑成功之事。
四月，刘清泰便收到朝廷密旨，写了一封信派人送到郑成功的祖母黄氏处，托她转给郑成功。郑芝龙也派家人持亲笔信要成功接受清朝招抚。
郑成功给郑芝龙回了一封信，信中表示他不相信清廷的诚意，因为有郑芝龙前车之鉴。
但是，他又不愿把招安的大门关死，暗示清廷若把当初勾引郑芝龙投降时许下的三省（浙江、福建、广东）之地交给自己管辖，那就可以谈判。
其实，郑成功并没打算投降清廷，长年因粮饷发愁的他只是想和清廷虚与委蛇，借和谈之议为自己争取一些时间发展壮大而已。
就在顺治十年六月，清廷为表招抚诚意，将调入福建征剿