至此，通岭日本人的暴乱失败，已成定局！
而周卫国也向部队下达了新的命令：“对于暴乱分子，只抓不杀，并将抓到的暴乱分子送到指定的关押地点。”
但在这道命令的执行中，出现了一些问题。杀红了眼的反击部队，在街上只要遇见问口令回答不上来、不会说中文又是日本人装束的，很多战士还是直接一枪过去。就连市区内的部分中国老百姓也自发组织起来，拿起棍棒等武器，跟在反击战士后面，追捕漏网的暴乱分子。但很快，这些普通老百姓就在狗急跳墙的暴乱分子的疯狂反扑下出现了伤亡。
部分未参与暴乱的普通日本居留民为了避免被民主联军的搜剿殃及，逃离了自己的住所，携家带口躲入了地沟、防空洞与山洞中。但随着大批暴乱分子跟在他们后面涌入，悲剧发生了。
在行署后山的一个山洞里，混杂了几十名暴乱分子和普通日本居留民，反击部队对暴乱分子喊话，要他们投降。心有余悸的暴乱分子则以零星的枪声作为回答，派进去劝降的日本人也被他们掐死扔出了尸体。战士们一气之下用炸药炸塌了山洞洞口。过了几天洞口清理出来后，发现洞里只有几十具互相扼死的发臭的尸体！
在城里四处乱窜的暴乱分子们眼见逃跑已无望，纷纷躲入普通日本居留民家中，或威逼、或利诱、或恳求，让屋子的主人收留掩护他们。渐渐的，恐慌开始在日本居留民中蔓延。
这时，周卫国果断将杀红了眼的一营、二营和教导营部队调离一线，换上了刚回城的三营、四营部队。又半劝说半强制地将参与追捕暴乱分子的中国老百姓与暴乱分子完全隔离开，并最终把他们都送回了家。
之后，周卫国向反击部队下达了对通岭市内和郊区日本居留民住宅的搜捕命令：“一、只要门口没有贴对联的住宅一律搜查（因为日本人过年不贴对联）。二、所有十八岁以上，六十岁以下的日本男人都带走，集中进行审查，直到有证据证实其二月二日晚上没有外出。三、凡是有中国人担保的日本人可以不抓。”
刚开始，当相对“和善”的三营和四营战士端着上好刺刀的步枪进入日本居留民家中搜捕并按照命令要带走所有十八岁以上，六十岁以下的日本男人时，一些暴乱分子还试图鼓动日本居留民发起反抗，但在反抗的日本人都被作为暴乱分子当场击毙后，其余日本人都放弃了这一愚蠢且不现实的做法。
搜捕工作继续有条不紊地进行着，一群群日本男子排着队，双手反绑被押离住宅，押至各处临时关押所。这些日本男子，虽然绝大多数都是普通日本居留民，但其中自然也混杂着暴乱分子，要在搜捕当时鉴别是否暴乱分子显然是不现实的，为了避免有漏网之鱼，也只有采用这种大范围的抓捕了。
整个2月3日，通岭市内和郊区的二道江都在进行着对暴乱分子的搜捕。到2月4日清晨，通岭市内的临时关押所已经关押了三千多日本男子。
由于天气寒冷，临时关押所又大多没有取暖设备，不少日本人被冻伤，从而做了截肢手术，光截下来的手指头和脚趾头就有一小堆。对此，这些日本人自然深怀恨意。但要不是日本人发动了暴乱，民主联军又怎么会这么对待他们呢？归根结底，还是日本人自作自受。而且民主联军至少还给了他们接受审查的机会，从而使得绝大多数普通日本居留民得以保全性命，他们还有什么资格要求中国人给予他们更多？
2月4日，通岭市内对暴乱分子的搜捕工作仍在继续，同时，十几支精干的抓捕小分队也被派出专门抓捕暴乱首犯。
此时的通岭市内，到处都是暴乱分子的尸体，血液和地面冻在一起，甚至还保持着他们死亡时的姿势。由于全城戒严，再加上怕受牵连，绝大多数暴乱分子的尸体都没有得到
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